Viven el mejor momento histórico. Surgidos posteriormente a la desaparición de Regional Atacama, Deportes Copiapó comenzó su historia en el fútbol chileno en la Tercera División de 1999. Allí, finalizaron en un meritorio quinto lugar, quedando cerca del ascenso.

Tras dos años llegando a la final donde cayeron ante Unión La Calera y Lota Schwager, los nortinos lograron subir de categoría en 2002, al ganarle a Malleco Unido en la definición.

Por casi una década, hasta el 2011, Deportes Copiapó compitió en Primera B, donde tuvo temporadas positivas y negativas. Luego, en 2012 y tras ser invitados a competir en la inaugurada Segunda División, el “León” obtuvo el ascenso de división tras superar a Trasandino de Los Andes y Deportes Linares, consiguiendo volver rápidamente a la Primera B.

Por varias temporadas, Deportes Copiapó sufrió en la parte baja de la tabla, aunque con el paso de los campeonatos logró consolidarse en la división, metiéndose en puestos de avanzada. Destacada fue la participación en el Torneo de Transición 2017, donde fueron subcampeones por detrás de Unión La Calera, cuadro que logró el ascenso a Primera División.

Así, desde la temporada 2021 hasta la actualidad, los nortinos han cumplido sus mejores años en el profesionalismo. En aquel año, finalizaron en el segundo lugar solamente siendo superados por el ascendido Coquimbo Unido. Tal campaña les permitió disputar una liguilla donde se impusieron a Deportes Puerto Montt y Deportes Temuco, debiendo enfrentar a Huachipato en una llave de ida y vuelta.

Allí, en el Luis Valenzuela, Deportes Copiapó dio lucha y cayó 2-3, perdiendo por la cuenta mínima en el duelo siguiente jugado en el CAP de Talcahuano. El ascenso estuvo a un paso, pero los nortinos no se rindieron.

Por lo mismo y a modo de revancha, en 2022 el “León” repitió la gran campaña, finalizando en el tercer puesto de la fase regular, clasificando a una liguilla donde superó a Universidad de Concepción y Deportes Puerto Montt, anotando 9 goles en ambos duelos como local.

Aquello les valió jugar la gran final para subir de categoría ante el sublíder de la Primera B: Cobreloa. Los loínos habían peleado palmo a palmo el ascenso con Magallanes, siendo un rival durísimo para Deportes Copiapó.

Los dirigidos por Héctor Almandoz harían historia, consiguiendo un histórico 5-0 en Calama tras empatar 0-0 en la ida, logrando instalarse por única vez en Primera División.

En el actual Campeonato Betsson registran un triunfo sobre Curicó Unido, luchando para cumplir una buena temporada en su primera temporada en la división de honor.