El 9 de marzo de 1999 comenzó la historia de Club de Deportes Copiapó, siendo reemplazante de Regional Atacama como representante de la capital regional. Sus primeros años los jugó en la Tercera División, logrando el ascenso en el año 2002 al mando del técnico Gerardo Silva tras golear en la final a Malleco Unido.

Su estreno en el profesionalismo fue ideal, con una goleada por 5-0 frente a Deportes La Serena en el estadio La Portada. El elenco copiapino lograba afirmarse en la categoría, pero sentía la necesidad de aspirar a objetivos mayores.

En 2007, bajo la dirección técnica de Nelson Cossio, Deportes Copiapó estuvo cerca de lograr el ascenso a la Primera División a la liguilla de promoción en un triangular frente a Santiago Morning y Deportes Puerto Montt, siendo los microbuseros conseguirían el pasaje a la máxima categoría.

Posteriormente el “León de Atacama” fue parte del inicio del Campeonato Segunda División en el año 2012. Pese a terminar en el segundo puesto, logró el retorno a la categoría tras vencer a Deportes Linares.

De regreso a la categoría de plata, los atacameños se afirmaron y comenzaron a soñar con jugar alguna vez en Primera División. No obstante, sufrieron con algunas adversidades como jugar de local en comunas aledañas, debido la remodelación del estadio Luis Valenzuela Hermosilla y las inclemencias climáticas en la zona como el ocurrido el año 2015 dejando sin uso el recinto de la calle Copayapu.

Unas de las opciones que Deportes Copiapó estuvo cerca de la Primera División fue en la temporada 2019 cuando el equipo dirigido por Héctor Almandoz llegó a la final del octogonal del ascenso jugado en el Estadio Nacional, perdiendo frente a Deportes Temuco por 3-2.

Dos años más tarde, tendría una nueva chance en la promoción frente a Huachipato, perdiendo los dos enfrentamientos.

No obstante, el destino le dio otra oportunidad a los copiapinos. Nuevamente con Almandoz (ex defensor campeón mundial con Vélez Sarsfield), quien volvió al club el año 2022. Pese a que en la etapa regular terminó en el tercer puesto, consiguió el paso a la máxima categoría al derrotar en la final de la liguilla a Cobreloa, gracias al 5-0 conseguido en su visita a Calama.

Ahora, Deportes Copiapó se encuentra disputando su segunda temporada en Primera División esperando afianzarse en la categoría e intentar por nuevos objetivos.