A finales de enero de 1966 cuatro clubes de la Asociación de Concepción (Galvarino, Liverpool, Juvenil Unido y Santa Fe) decidieron fusionarse para dar vida a un club que se convertió en uno de los referentes deportivos en las competencias principales del balompié chileno: Deportes Concepción.

Un mes después, jugaron su primer amistoso cuando se midieron frente a la selección de la Unión Soviética. El día que fueron aceptados en la Asociación Central de Fútbol, el 15 de abril de 1966, se reconoció como el día de la fundación de Deportes Concepción.

Ese mismo año, el elenco lila fue parte de los 16 clubes en el Campeonato Segunda División (hoy Ascenso) finalizando en el puesto 13 (9V-7E-14D). Al año siguiente alza el trofeo, ascendiendo por primera vez en la máxima categoría de nuestro fútbol.

En 1975 el equipo realiza su mejor campaña en la Primera División de Chile, rematando segundo, a dos puntos del campeón Unión Española.

Mientras que en 1994, la escuadra penquista consiguió su segundo trofeo en la Primera B con una gran campaña al mando de Fernando Cavallieri.

A lo largo de su historia, Deportes Concepción ha participado en dos ocasiones en la Conmebol Libertadores. La primera de ellas fue en 1991 y la segunda fue en 2001, en ambas superó la fase de grupos, consiguiendo un triunfo inolvidable tras vencer a San Lorenzo de Almagro, dirigido por el chileno Manuel Pellegrini, por 3-2. En la siguiente etapa, los lilas no pudieron vencer a Vasco da Gama, encabezado por el goleador Romario.

Mientras que en 1999 fue parte de la Copa Conmebol llegando a la instancia de semifinales, en el que fue derrotado por Talleres de Córdoba, a la postre el campeón del certamen.