En 1983 la Asociación Central de Fútbol decidió ampliar el fútbol de la Segunda División (hoy Primera B) con la presencia de tres capitales provinciales de la región de Los Lagos a sumarse al fútbol profesional: Valdivia, Osorno y Puerto Montt
Así llegó el 6 de mayo de 1983, en las dependencias de la Municipalidad de Puerto Montt, se realizó la primera sesión constitutiva del club, presidida por el alcalde Jorge Brahm, para dar inicio a la historia de Club de Deportes Puerto Montt.
Su primera campaña estuvo a cargo de Sergio Navarro, exintegrante del Ballet Azul de Universidad de Chile y mundialista chileno en la histórica campaña de 1962.
A pesar de la ubicación geográfica, siendo el elenco más austral de nuestro país, el representativo de la capital regional, ofreció campañas interesantes, siendo una de las destacadas en 1991 cuando llegó a la liguilla de promoción a la Primera División.
Luego de 13 años jugando en la segunda categoría, llegaría el primer gran logro en su historia. Encabezados por Alfonso “Chepo” Sepúlveda, consiguieron el ascenso a la Primera División tras terminar en el segundo lugar en el año 1996, detrás de Deportes La Serena.
En la serie de honor, tuvo destacadas actuaciones especialmente en el estadio Chinquihue, convirtiéndose en un reducto inexpugnable.
El año 2001 perdió la categoría, pero en la temporada siguiente conseguiría su primer trofeo en la Primera B, al mando de Sergio Nichiporuk.
En la década recién pasada, Deportes Puerto Montt sufrió con el descenso a la Segunda División, herida que se curaría en la temporada 2014-2015 cuando lograron el título de la serie con una victoria por 4-0 frente a San Antonio Unido. El técnico de ese equipo era Erwin Durán.
ÍDOLOS EN EL CHINQUIHUE
Dentro de la lista de jugadores que han militado en Deportes Puerto Montt destacan Nelson Villarroel (más partidos jugados con 508), Óscar Rove, Bernardo Barría (goleador histórico), Víctor Cancino, Walter Otta (clave en el primer ascenso), Manuel López, Rodrigo Viligrón, el portero Óscar Gualdoni y Domingo Arévalos.
También se valoran actuaciones como Héctor Águila y Leandro Delgado.